Система управління Шишлівського ліцею відповідає ст. 24 Закону України «Про освіту» № 2145-VIII від 05.09.2017 та Статуту закладу (затверджено рішенням Холмківської сільської ради від 29.06.2021 № 411/VIIІ-2021).
Управління Шишлівського ліцею в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:
1) Засновник: засновником Шишлівського ліцею є Холмківська сільська рада Ужгородського району Закарпатської області, заклад підпорядкований відділу освіти Холмківської сільської рада. Власник або уповноважений ним орган здійснює фінансування Закладу, його матеріально-технічне забезпечення, надає необхідні будівлі, інженерні комунікації, обладнання, встановлює їх статус, організовує будівництво і ремонт приміщень, їх господарське обслуговування, харчування учнів;
2) Керівник закладу освіти: директор Шишлівського ліцею – Руска Діана Ласлівна.
Керівник закладу освіти здійснює безпосереднє управління закладом і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу. Повноваження та відповідальність керівника закладу освіти визначається законом та установчими документами закладу освіти;
3) Постійно діючий дорадчий колегіальний орган управління закладу освіти: педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом і Статутом закладу освіти. Керівник закладу є головою педагогічної ради – постійно діючого колегіального органу управління закладом;
4) Колегіальний орган громадського самоврядування: Рада ліцею.
Вищим органом громадського самоврядування Закладу освіти є загальні збори колективу, що скликаються не менше одного разу на рік. У період між загальними зборами діє рада Закладу. Очолює раду закладу освіти голова, який обирається із складу ради;
5) Органи самоврядування здобувачів освіти: учнівське самоврядування;
6) Інші органи, передбачені спеціальними законами та/або установчими документами закладу освіти. У закладі створені і діють піклувальна рада, учнівський комітет, батьківський комітет, методичні об’єднання, комісії, положення про які затверджено педагогічною радою та наказом по ліцею.